Ученые Научно-технологического университета «Сириус» расширили базу данных GTRD — крупнейшее в России хранилище геномной информации. В систему добавлены данные секвенирования одиночных клеток, которые помогают изучать регуляцию генов в разных типах клеток и использовать такие сведения в биомедицинских исследованиях.
Исследователи Университета «Сириус» продолжили развитие базы данных GTRD, которую в сообщении называют крупнейшим хранилищем геномной информации в России.
Новая часть работы связана с интеграцией данных секвенирования одиночных клеток scATAC-seq. Этот подход используют для изучения участков открытого хроматина и различий между типами клеток.
База GTRD начата в 2012 году. Она включает данные для десяти модельных организмов, среди них человек, мышь и резуховидка Таля. В систему уже входят данные разных методов секвенирования, включая ChIP-seq, RNA-seq и ATAC-seq.
За время проекта ученые собрали, проверили и стандартизировали метаданные более чем для 4600 экспериментов scATAC-seq. Благодаря этому в GTRD появилась возможность систематизированного поиска и просмотра данных секвенирования одиночных клеток.
Регуляция генов отличается в разных типах клеток. Данные секвенирования одиночных клеток помогают изучать эти отличия точнее, чем при анализе смешанных клеточных популяций.
В «Сириусе» отмечают, что интеграция таких данных на одной платформе позволит формировать более полную картину при проверке гипотез в биомедицинских исследованиях.
Новые алгоритмы, созданные в ходе проекта, помогают точнее предсказывать участки открытого хроматина и сайты связывания транскрипционных факторов. Это важно для исследований в геномике, эпигенетике и трансляционной медицине.
Исследователи получают единый доступ к стандартизированным данным секвенирования одиночных клеток, собранным на платформе GTRD.
База теперь поддерживает систематизированный поиск и просмотр этих данных. Это должно упростить их использование в исследованиях регуляции генов, эпигенетики и персонализированной медицины.
В проекте участвовали магистранты и аспиранты направления «Вычислительная биология» Университета «Сириус».
Интеграция данных секвенирования одиночных клеток создала основу для дальнейшего развития российских исследований в этой области.
Источник: Федеральная территория «Сириус»
у вас в телефоне 
Ученые Оренбургского государственного медицинского университета разработали прогностическую модель оценки риска суицидального поведения у подростков 14–17 лет.
В Сеченовском Университете разрабатывают первую отечественную экспресс-тест-систему для выявления предраковых состояний слизистой оболочки полости рта.
Российские ревматологи и дерматовенерологи согласовали определения «сложного для ведения» и «трудно поддающегося лечению» псориаза и псориатического артрита.
