Ученые Научно-технологического университета «Сириус» расширили базу данных GTRD — крупнейшее в России хранилище геномной информации. В систему добавлены данные секвенирования одиночных клеток, которые помогают изучать регуляцию генов в разных типах клеток и использовать такие сведения в биомедицинских исследованиях.
Исследователи Университета «Сириус» продолжили развитие базы данных GTRD, которую в сообщении называют крупнейшим хранилищем геномной информации в России.
Новая часть работы связана с интеграцией данных секвенирования одиночных клеток scATAC-seq. Этот подход используют для изучения участков открытого хроматина и различий между типами клеток.
База GTRD начата в 2012 году. Она включает данные для десяти модельных организмов, среди них человек, мышь и резуховидка Таля. В систему уже входят данные разных методов секвенирования, включая ChIP-seq, RNA-seq и ATAC-seq.
За время проекта ученые собрали, проверили и стандартизировали метаданные более чем для 4600 экспериментов scATAC-seq. Благодаря этому в GTRD появилась возможность систематизированного поиска и просмотра данных секвенирования одиночных клеток.
Регуляция генов отличается в разных типах клеток. Данные секвенирования одиночных клеток помогают изучать эти отличия точнее, чем при анализе смешанных клеточных популяций.
В «Сириусе» отмечают, что интеграция таких данных на одной платформе позволит формировать более полную картину при проверке гипотез в биомедицинских исследованиях.
Новые алгоритмы, созданные в ходе проекта, помогают точнее предсказывать участки открытого хроматина и сайты связывания транскрипционных факторов. Это важно для исследований в геномике, эпигенетике и трансляционной медицине.
Исследователи получают единый доступ к стандартизированным данным секвенирования одиночных клеток, собранным на платформе GTRD.
База теперь поддерживает систематизированный поиск и просмотр этих данных. Это должно упростить их использование в исследованиях регуляции генов, эпигенетики и персонализированной медицины.
В проекте участвовали магистранты и аспиранты направления «Вычислительная биология» Университета «Сириус».
Интеграция данных секвенирования одиночных клеток создала основу для дальнейшего развития российских исследований в этой области.
Источник: Федеральная территория «Сириус»
у вас в телефоне 
Последние месяцы администрация Трампа старалась публично не поднимать тему прививок — слишком уж скользкой она оказалась с политической точки зрения. Десятого августа курс сменился.
Замысел звучал красиво и понятно даже неспециалисту. Обычное облучение при раке работает как опыление с самолёта: достаётся и злокачественным клеткам, и здоровым тканям вокруг.
Десятого августа британское агентство по регулированию лекарственных средств и изделий медицинского назначения разрешило применение орфорглипрона под торговым названием Foundayo. Британия стала первой страной в Европе, где этот препарат получил одобрение.
